《辦法》規定繳納煤炭礦產資源補償費征收必須堅持嚴格執法、應收盡收、足額征收、全額入庫和切實維護國家權益的原則,繳納煤炭礦產資源補償費的對象為全市行政區域內開采煤炭資源的采礦權人,繳納的礦產資源補償費列入企業管理費用。規定繳納煤炭資源補償費費率標準為1﹪,煤炭礦產資源補償費按季度繳納,采礦權人應在本季度終了后15日內繳納本季度煤炭礦產資源補償費。煤炭礦產資源補償費納入財政預算,實行專項管理,主要用于地質勘查、礦產資源保護、礦山地質環境保護和征管補助經費等。

《辦法》規定煤炭礦產資源補償費由市、縣(市、區)國土資源部門征收,并接受上級國土資源、財政部門的檢查監督,同時發改、財政、審計、統計、國稅、地稅、人行等按照職責分工分別做好煤炭資源補償費費征收的監督、管理入庫工作。市國土資源部門負責全市大中型礦山、垮縣級行政區域礦山煤炭礦產資源補償費的征收,以及接受上級主管部門委托的跨市級行政區域礦山煤礦礦產資源補償費的征收。對違法《礦產資源補償費征收管理規定》和本辦法的采礦權人,由征收機關依照《礦產資源補償費征收管理規定》予以處罰;對征收管理機關工作人員玩忽職守、濫用職權、徇私舞弊的,由其所在單位或者上級主管部門給予行政處分,構成犯罪的依法追究刑事責任。